Osmdesátá léta byla v Ateliéru filmové a televizní grafiky na VŠUP zcela v režii Miloslava Jágra, jenž jako jeden z mála pedagogů ze školy nebyl ve straně, a jeho ateliér tedy příliš nepodléhal politickým tlakům. Na jeho studenty a jejich tvorbu proto bývalý režim neměl až takový vliv. Další příčinou uvolněnější atmosféry ateliéru bylo i přesvědčení veřejnosti, že animace je především tvorba pro děti a jako taková je, díky zdánlivé absenci hlubších významů, nezávadná. Toto myšlení o animovaném filmu přetrvávalo přesto, že už od dob Trnky, a ještě výrazněji však v sedmdesátých a osmdesátých letech, kdy točili své filmy Jan Švankmajer nebo Jiří Barta, byly skryté metafory k aktuální situaci v animovaném filmu oproti hranému filmu a dokumentu, které byly pod drobnohledem cenzurních opatření, nejvíce znatelné. Miloslav Jágr kvůli své politické neangažovanosti nebyl až do sametové revoluce jmenován profesorem. Od roku 1960, kdy v ateliéru začínal jako asistent tehdejšího vedoucího ateliéru Adolfa Hoffmeistera (v roce 1970 se stal sám vedoucím ateliéru) až do roku 1990 byl veden jen jako odborný asistent. Jiří Barta vzpomíná na dobu, kdy k Miloslavu Jágrovi nastoupil jako asistent (působil zde v letech 1979–1982), a ten jej přivítal slovy: „Tak teď jsme tady dva asistenti, tak jak si budeme říkat?“

Miloslav Jágr vedl své studenty především ke kvalitnímu výtvarnému vyjádření. Důraz kladl na hodiny kreslení a byl ke studentům velmi kritický. Mnoho z nich během studia dokázal dovést až k pláči, nebo dokonce k opuštění ateliéru. Především studentky jeho kritiku těžce snášely. Michaela Kukovičová v rozhovoru uvedla, že v ročníku zůstala sama, ostatní spolužačky odešly po revoluci na ilustraci k Jiřímu Šalamounovi¹⁾. Avšak studenti, kteří vydrželi, s odstupem času vzpomínají na jeho kritiku jako na konstruktivní, která jim do života přinesla mnoho důležitých rad. Takto si na něj pamatuje například Jiří Barta.²⁾

Vzhledem k tomu, že Miloslav Jágr byl především ilustrátor, netlačil své studenty k filmovému zpracování výtvarné tvorby. Během studia se naučili základní techniky animace, ale jako svou diplomovou práci poté mohli odevzdat jen přípravu k filmu, například v podobě loutek. Jan Balej (pozdější vedoucí Ateliéru filmové a televizní grafiky v letech 2008–2012) tak pojal v roce 1988 diplomovou práci ve formě výtvarného zpracování návrhů a realizace loutek podle literární předlohy od Jana Wericha s názvem Až opadá listí z dubu. V obhajobě své diplomové práce Balej k důvodu, proč si vybral tento způsob zakončení studia, uvedl: „Loutkářská tvorba umocňuje prostor pro fantazii. Čím větší fantazie, tím bohatší prostor pro pohádkovou realitu. Avšak fantazii je třeba určit míru, která je dána obsahem příběhu.“³⁾ u realizace loutek se Balej odkazoval na lidové umění. Dle něj „loutka a lidové umění vytvářejí přímou vazbu mezi prostým a zemitým pohledem obyčejného člověka a jeho názorem na okolní svět, na jeho prožitky, které tvůrčím způsobem překládá do jazyka přímého, jednoznačného a pro něj krásného“. K lidovému umění se při realizaci loutek v rámci diplomové práce na téma pohádky o vtákovi Ohnivákovi a morskej panne obrátil i Miroslav Pogran v roce 1989. Nechal se inspirovat slovenským lidovým uměním, které zkoumal ve Slovenském národním muzeu. „Myslím si, že práve v dnešnej dobe, ktorá je tak charakteristická svojou unáhlenosťou, racionalizmom i odcudzenosťou človeka človeku, je treba sa vracať k skrytým prameňom čistoty a múdrosti. a možno, že práve ľudová rozprávka môže byť cestou k nim.“⁴⁾

Byli však i studenti, kteří se rádi pustili do tvorby celého animovaného filmu. Práci jim ulehčovala spolupráce s Krátkým filmem Praha, Studiem Jiřího Trnky, kde se absolventské filmy dokončovaly. Takto například Michaela Pavlátová (později v letech 1993–1998 asistentka Ateliéru filmové a televizní grafiky u Jiřího Barty) natočila animovaný snímek s názvem Etuda z alba (1986/1987) na téma jedné krátké epizody v rámci manželství, kdy se modelový anonymní pár hádá. „Hádka na moment odkrývá vnitřní strukturu manželství, snahu získat převahu nad druhým, uplatnit svůj názor. Vlastní názor je však velice relativním pojmem a pro dobro věci může být změněn i popřen.“ v textové části práce se Pavlátová zaměřila i na dva názory na animovaný film v té době, které dle mého názoru, dobře vystihují dvojí vnímání způsobu tvorby a poslání animovaného filmu až do dnešní doby. První tendenci popsala Pavlátová jako „kinetické výtvarné dílo“, u kterého jde v první řadě o atmosféru a pocit ze snímku a jeho výtvarné složky. Druhý pól tvoří názor, že animovaný film by měl být postaven na ději, kde „výtvarná složka je podřízena myšlence, stojí ve službách záměru“.⁵⁾ Tento druhý pohled na animovaný film byl Pavlátové bližší: „Dramatický, nosný scénář považuji za prvořadou složku díla.“ Protipól zastával naopak například František Skála, jehož diplomová práce – animovaný film s názvem Oči (1982) – byla pohyblivým asociativním obrazem, založeným primárně na estetice a atmosféře filmu, kterou dokreslovaly verše a melancholická vážná hudba, vše s odkazem na „trnkovskou“ výtvarnou tradici.

První porevoluční léta Ateliér filmové a televizní grafiky příliš neovlivnily. Vedoucím zůstal i nadále Miloslav Jágr, jenž se v roce 1990 konečně dočkal jmenování profesorem. Důkazem podobného směřování ateliéru jako před revolucí je diplomová práce Matěje Formana z roku 1991, ve které se věnoval realizaci loutek k pohádce Růže a prsten od Williama Makepeace Thackerayho. „Ono pohádkové rčení, že ‚dobro vítězí nad zlem‘ by se uprostřed dnešního světa opravdu mohlo zdát někdy naivní. Nejsou tomu však ani dva roky, kdy se v listopadových dnech roku 1989 na mnohých místech v ulicích a městech naší země objevovaly plakáty s výrokem dramatika a spisovatele Václava Havla, že ‚pravda a láska musí zvítězit nad lží a nenávistí‘. [...] Kdo by po těchto chvílích radosti a vzrušení a s očima znovu užasle otevřenýma řekl, že tento výrok našeho budoucího pana prezidenta byl naivní?“⁶⁾

Změna v přístupu k výuce v ateliéru nastala až s nástupem nového vedoucího, bývalého Jágrova studenta a později asistenta Jiřího Barty. Ten se během svého života prakticky věnoval animovanému filmu podstatně více než Miloslav Jágr, který byl primárně ilustrátorem, proto se s nástupem Barty zvýšil důraz na samotné techniky tvorby filmu. i když spolupráce s Krátkým filmem v souvislosti s jeho zánikem po revoluci skončila, ateliér na VŠUP začal být lépe vybavený technicky a filmy bylo možné natáčet přímo ve škole. Změnu rovněž ovlivnil rychlý rozvoj technických vymožeností. Mnoho dokončovacích prací na filmu, jež dříve ve studiích zastávali lidé různých profesí, najednou dokázal nahradit počítač. Začalo se i více experimentovat a pracovat například s technikou pixilace⁷⁾. Příkladem těchto nových tendencí v ateliéru je kolektivní studentský film, který vznikl na soustředění v Kostelci nad Černými lesy roku 1993, nazvaný Prostřený stůl.

V té době začaly být pro studenty ateliéru zajímavé i videoklipy. Tomuto tématu se v diplomové práci věnovali například Michal Beneš, Michaela Kukovičová nebo Andrea Tachezy. Beneš si jako námět filmu zvolil klip Daniela Landy pojmenovaný Přízraky (1995). Proč se tomuto žánru věnoval, shrnul v obhajobě své diplomové práce následovně: „Heslo: ‚Bez dobrého klipu není úspěšné skladby‘ je neoddiskutovatelným jevem, zvláště nyní, v polovině devadesátých let, která v sobě, alespoň co se hudební roviny týče, vážou všechny stylové směry, kterých bylo v rocku a popu dosaženo.“ Jeho videoklip byl složený z kreslených i hraných záběrů. Jiří Barta v rozhovoru uvedl, že tématem  devadesátých let byla především svoboda a tu se studentům snažil nechávat i při výběru tématu⁸⁾. Větší svoboda tehdejší doby je v případě Michala Beneše patrná nejen ze zvoleného tématu, ale i z textové části práce, kde popisuje Daniela Landu například takto: „Daniel Landa je přímočará osoba jak v muzice, tak v osobním životě. Tedy žádný zapšklý intelektualismus zamindrákovaného nešiky nebo plagiát amerického hocha.“⁹⁾. Zároveň se v diplomové práci přiznává ke své zálibě v tetování. „Kreslit po lidech a mít tisíce chodících obrázků. Co si výtvarník může víc přát? Je to lidský design konce tohoto století.“ Z textových částí diplomových prací je tedy rovněž patrná velká změna oproti osmdesátým letům, kdy se studenti snažili do textové obhajoby své diplomové práce vsunout zamyšlení nad posláním animovaného filmu a jeho možnostmi. Tato tendence v devadesátých letech do určité míry mizí.

Experimentální povaha ateliéru se projevila například i v absolventském filmu Martina Fišera z roku 1996 s názvem Rodinka, při jehož tvorbě se autor pohyboval na hranici fotografie a animovaného filmu. „Konfrontace fotografií s animovaným filmem se mi zdála provokující a pro mne osobně poučná v tom, že jsem byl nucen přemýšlet o dramaturgickém významu statické fotografie z hlediska střihové plynulosti a v kombinaci s pohybem.“ V textové části práce se Fišer věnoval otázkám souvisejícími s technologií animovaného filmu a jejími úskalími, rovněž s uměním stylizace a celým produkčním procesem přípravy filmu.
Studenti se v devadesátých letech začali více dostávat i do zahraničí, ať už na festivaly, či studijní nebo pracovní stáže. Jiří Barta v rozhovoru vzpomíná na pozvání do Peru. Se studenty odjel na univerzitu v Limě, kde společně natočili animovaný film¹⁰⁾. o tom, že tato cesta do zahraničí byla pro studenty skutečným zážitkem, vypovídají i filmy, které vznikly později jako ohlédnutí se za novou zkušeností. Lucie Kovářová například natočila krátký animovaný film Cesta do Peru, Dora Čančíková zase snímek s názvem Deník z Peru.

Později a velmi zvolna se v pracích studentů objevovaly i prvky 3D animace. Jako jeden z prvních studentů začal s těmito novými technikami tvorby animovaného filmu pracovat Ondřej Švadlena. V roce 2002 takto vytvořil i znělku ateliéru. Byl však ve své době spíše výjimkou společně se Zdeňkem Kricnerem, jenž v roce 2000 absolvoval s  3D animovaným filmem na motivy Máje od Karla Hynka Máchy.

Nové možnosti využití nejenom technik animovaného filmu se projevily i v diplomové práci Jakuba Dvorského. Roku 2003 představil jako své absolventské dílo počítačovou hru s názvem Samorost. Brzy nato založil studio Amanita design, které se na trhu s počítačovými hrami velmi dobře uchytilo především díky unikátnímu výtvarnému zpracování, vycházejícímu z estetiky animovaných filmů.

Období transformace v devadesátých letech se tedy dá v Ateliéru filmové a televizní grafiky na VŠUP charakterizovat především důrazem na technické zpracování filmu, scénář a dramaturgickou stránku. Ve studentských pracích se tento rozdíl od předešlé etapy, která se nesla především v duchu precizního výtvarného zpracování a odkazu na „trnkovskou“ tradici, silně projevil. Zuzana Bukovinská (pomocná asistentka ateliéru od roku 1996, lektorka od roku 2002, od roku 2010 odborná asistentka Ateliéru filmové a televizní grafiky) vidí období transformace právě z hlediska silné determinace novými možnostmi, které s sebou přinesly počítačové technologie¹¹⁾. Tento fakt měl velký vliv i na proměnu animovaného filmu obecně, stejně tak jako snaha o nalezení nových možností využití tohoto média. Tuto změnu si uvědomuje i Jiří Barta. „Animace dnes už není jen o filmu, ale rozšířila se do všech oborů. Jsou to hry, web, informační panely, je to vše, co se pohybuje, motion design atd., takže by se dalo říci, že ideální by bylo, kdyby animace byla součástí každého oboru jako předmět.“¹²⁾